روابط پيچيده‌اى بين مغز، غدهٔ هيپوفيز و تخمدان‌ها براى تنظيم دورهٔ قاعدگى وجود دارد. نارسائى در هر سطح باعث فقدان قاعدگى مى‌شود که به آن آمنوره مى‌گويند. فقدان قاعدگى اوليه وقتى پديد مى‌آيد که قاعدگى در زنى که وارد سنين بلوغ جنسى شده است، ايجاد نشود. به‌طور طبيعى اين عارضه تا بعد از ۱۶ سالگى مورد شک قرار نمى‌گيرد. فقدان قاعدگى ثانويه وقتى پديد مى‌آيد که خانمى با شروع قاعدگى منظم، بعداً ۲ يا ۳ ماه قاعده نشود. شايع‌ترين علت فقدان قاعدگى ثانويه حاملگى است، ولى علل بسيار ديگرى نيز وجود دارند. به تعداد کم دفعات قاعدگی الیگومنوره گفته می شود.

از جمله اين علل فعاليت شديد بدنى (مثل دوندگان ماراتن) و کاهش بيش از حد وزن (مبحث اختلالات غذا خوردن را مشاهده کنيد) است. برخى داروها که براى درمان سرطان پستان به‌کار مى‌روند و اختلالاتى مثل بيمارى‌هاى تيروئيد و غدهٔ فوق‌ کليوى نيز مى‌توانند باعث فقدان قاعدگى شوند.

پس از تصویب ورزش زنان در بازی های المپیک، از سال ۱۹۱۲ حضور زنان در عرصه های ورزشی افزایش یافت. میلیون ها زن در سطح جهان به ورزش های رقابتی و یا تفریحی روی آوردند. زنان ورزشکار سودهای جسمی، روانی، و اجتماعی بسیاری نصیبشان شد. البته به موازات این سودها، زنان ورزشکار همچنین تحت تاثیر  بیش تمرینی و اثرات آن بر سیستم های مربوط به  تولید مثل  قرار گرفتند. بیشترین شیوع اختلالات دستگاه تولید مثل در میان زنانی گزارش شده است که درگیر تمرینات ورزشی شدید بودند. اختلالات دستگاه تولیدمثل در میان کل زنان ۱ تا ۵ درصد گزارش شده است و این در حالی است که بیشتر از ۴۰ تا ۵۰ درصد اختلالات دستگاه تولید مثل در میان زنان ورزشکار شیوع دارد انواع رایج اختلالات دستگاه تولیدمثل شامل آمنوره، قاعدگی دیررس، اختلال در مرحله لوتئینی، عدم تخمک گذاری، و الیگومنوره می باشد.

برای شناسایی اختلالات دستگاه تولیدمثل در زنان ورزشکار چندین مکانیسم فیزیولوژیکی پیشنهاد شده است. تعدادی از این تئوری ها رد شده اند و تعدادی از آنها هنوز قابل توجه اند. مکانیسم قابل توجهی که در حال حاضر پیشنهاد شده است بیان می کند که اختلالات دستگاه تولید مثل در اثر اختلال در محور هیپوتالاموس-  هیپوفیز- تخمدان و یا در محور هیپوتالاموس- هیپوفیز- آدرنال به وجود می آید. بنابراین اختلالات دستگاه تولید مثل یا یک اثر منفی از تمرینات ورزشی شدید است و یا یک اثر سازگار شده به فشارهای تمرینات ورزشی شدید جهت نایل شدن و تحمل کردن اجراها و مهارت های بالاتر است و این مسئله ناشناخته مانده است.

نگرانی اصلی زنان ورزشکار در مورد عوارض جانبی اختلالات قاعدگی می باشد و نتایج احتمالی که در اثر اختلالات قاعدگی بر سلامت آنها موثر است. تحقیقات نشان داده اند  که بین اختلالات تغذیه ای و اختلالات قاعدگی و عدم تخمک گذاری رابطه وجود دارد و اگر این وضعیت ادامه یابد چگالی مواد استخوانی کاهش می یابد یا به عبارتی پوکی استخوان مشاهده می شود. این سه اختلال یعنی اختلالات تغذیه ای، آمنوره ثانویه، و پوکی استخوان با عنوان اختلال سه گانه زنان ورزشکار شهرت یافته است و بین آن ها رابطه وجود دارد.

این سیکل از شروع اولین خونریزی تا شروع خونریزی بعدی می باشد و منجر به تغییراتی در سطح هورمون های جنسی استروژن وپروژسترون، هورمون محرک تیروئید کورتیزول، ترشح ملاتونین، و درجه حرارت مرکزی می شود و بطور مرتب در دوره ای تقریبا ۳۰- ۲۸ روز اتفاق می افتد. عملکرد سیستم تولیدمثل نتیجه فعالیت های هماهنگی می باشد که محور هیپوتالاموس- هیپوفیز- تخمدان هدایت آنها را بر عهده دارد. در یک تقسیم بندی چرخه تخمدانی سیکل قاعدگی را می توان به سه مرحله تقسیم نمود.(TSH)

فاصله زمانی بین اولین روز خونریزی تا مرحله میانی سیکل قاعدگی را گویند. در این مرحله هورمون آزادکننده گونادوتروپین از هیپوتالاموس ترشح می شود ، بر هیپوفیز قدامی تاثیر می گذارد  و دو هورمون محرک فولیکولی و لوتئنی از هیپوفیز قدامی  ترشح می شوند این هورمون ها نیز بر تخمدان تاثیر می گذارند و استرادیول و پروژسترون از تخمدان ها ترشح می شوند. در ابتدای مرحله فولیکولی مقدار کم استرادیول مانع از ترشح هورمون لوتئینی می شود در حالی که افزایش استرادیول در اواخر مرحله فولیکولی موجب تولید موجی از هورمون لوتئینی می شود که باعث تخمک گذاری در مرحله تخمک گذاری می شود.  روند تدریجی تکامل فولیکول در این مرحله،  از طریق هورمون های لوتئینی و محرک فولیکولی تنظیم می گردد .

مرحله میانی سیکل قاعدگی را گویند که در این مرحله افزایش استرادیول و ترشح موجی از هورمون لوتئینی باعث  آزاد شدن تخمک و تبدیل فولیکول به جسم زرد می شود. در جه حرارت مرکزی بدن در این مرحله افزایش می یابد.

فاصله زمانی بین مرحله میانی سیکل قاعدگی تا شروع خونریزی بعدی را گویند. در این مرحله جسم زرد استرادیول و پروژسترون تولید می کند و مقدار این دو هورمون نسبت به مرحله فولیکولی افزایش می یابد. پروژسترون  رحم را برای باروری تخمک آماده می سازد. افزایش استروژن و پروژسترون مانع از تولید گونادوتروپین در این مرحله می شود اما تقریبا پس از ۱۲ روز میزان استرادیول و پروژسترون کاهش می یابد، گونادوتروپین تولید می شود و عادت ماهانه شروع می شود. روند تباه شدن تدریجی جسم زرد در این مرحله انجام می گیرد. مدت مرحله لوتئینی از ۱۰ تا ۱۶ روز می تواند متغیر باشد و  اگر این زمان کمتر از ۱۰ روز باشد اختلال در مرحله لوتئینی رخ می دهد که ممکن است ناشی از ناتوانی جسم زرد در ترشح پروژسترون باشد و در نتیجه سطح پروژسترون کاهش یابد.

قاعدگی منظم به بازخورد منفی هورمون های سیکل قاعدگی وابسته است.