حضرت امام خمینی ( ره ) در بخشی از وصیتنامه عبادی سیاسی خود، تاکید کردند: بر همه ما لازم است با متصدیان كمك كنیم و برای همیشه نگذاریم دانشگاهها به انحراف كشیده شوند همچنین ایشان به دانشگاهیان توصیه کردند که دانشمندان ما، اساتيد دانشگاههاي ما از غرب نترسند، اراده كنند در مقابل غرب قيام كنند. بنیانگذار انقلاب اسلامی ایران در بخشهایی از وصیتنامه عبادی سیاسی خود که آن را در بهمن ماه 1361 به نگارش در آوردند، اشاره هایی هم به دانشگاهها، استادان، حوزه های علمیه و دانشجویان داشتند. یکی از تاکیدات مهم ایشان که در برخی بخشهای مختلف این وصیتنامه به آن بارها از سوی ایشان اشاره شده، بیداری و هشیاری دانشجویان و دانشگاهها در نفوذ دشمن به دل کشور و دانشگاههاست. در ادامه به بخشهایی از این وصیتنامه که حضرت امام خمینی ( رضوان الله تعالی ) دانشگاهیان و اساتید را خطاب قرار داده اند، اشاره می شود. حضرت امام خمینی (ره) در بخشهایی از وصیت نامه خود با اشاره به نقشه های دشمن در زمان محمدرضا شاه برای کشور از جمله دانشگاهها، فرموده اند: "در زمان محمدرضا با نقشه و روشهای دیگر كه یكی از آنها ایجاد عداوت بین دانشگاهیان و روحانیان بود، كه تبلیغات وسیعی در این زمینه شد؛ و معالأسف به واسطه بیخبری هر دو قشر از توطئه شیطانی ابرقدرتها نتیجه چشمگیری گرفته شد. از یك طرف، از دبستانها تا دانشگاهها كوشش شد كه معلمان و دبیران و اساتید و رؤسای دانشگاهها از بین غربزدگان یا شرقزدگان و منحرفان از اسلام و سایر ادیان انتخاب و به كار گماشته شوند و متعهدان مؤمن در اقلیت قرار گیرند كه قشر مؤثر را كه در آتیه حكومت را به دست میگیرند، از كودكی تا نوجوانی و تا جوانی طوری تربیت كنند كه از ادیان مطلقاً، و اسلام بخصوص، و از وابستگان به ادیان خصوصاً روحانیون و مبلغان، متنفر باشند.اختلاف عمیق بین دولت و ملت و دانشگاهی و روحانی راه را برای چپاولگران باز می كند و اینان را عمال انگلیس در آن زمان، و طرفدار سرمایهداران و زمینخواران و طرفدار ارتجاع و مخالف تمدن و تعالی در بعد از آن معرفی مینمودند. و از طرف دیگر، با تبلیغات سوء، روحانیون و مبلغان و متدینان را از دانشگاه و دانشگاهیان ترسانیده و همه را به بیدینی و بیبند و باری و مخالف با مظاهر اسلام و ادیان متهم مینمودند. نتیجه آن كه دولتمردانْ مخالف ادیان و اسلام و روحانیون و متدینان باشند؛ و تودههای مردم كه علاقه به دین و روحانی دارند مخالف دولت و حكومت و هر چه متعلق به آن است باشند، و اختلاف عمیق بین دولت و ملت و دانشگاهی و روحانی راه را برای چپاولگران آنچنان باز كند كه تمام شئون كشور در تحت قدرت آنان و تمام ذخایر ملت در جیب آنان سرازیر شود، چنانچه دیدید به سر این ملت مظلوم چه آمد، و میرفت كه چه آید.
دانشگاهیان هر چه بیشتر با روحانیان و طلاب پیوند دوستی و تفاهم را محكمتر و استوارتر سازند اكنون كه به خواست خداوند متعال و مجاهدت ملت ـ از روحانی و دانشگاهی تا بازاری و كارگر و كشاورز و سایر قشرها ـ بند اسارت را پاره و سد قدرت ابرقدرتها را شكستند و كشور را از دست آنان و وابستگانشان نجات دادند، توصیه اینجانب آن است كه نسل حاضر و آینده غفلت نكنند و دانشگاهیان و جوانان برومند عزیز هر چه بیشتر با روحانیان و طلاب علوم اسلامی پیوند دوستی و تفاهم را محكمتر و استوارتر سازند و از نقشهها و توطئههای دشمن غدار غافل نباشند و به مجرد آنكه فرد یا افرادی را دیدند كه با گفتار و رفتار خود درصدد است بذر نفاق بین آنان افكند او را ارشاد و نصیحت نمایند؛ و اگر تأثیر نكرد از او روگردان شوند و او را به انزوا كشانند و نگذارند توطئه ریشه دواند كه سرچشمه را به آسانی میتوان گرفت. و مخصوصاً اگر در اساتید كسی پیدا شد كه میخواهد انحراف ایجاد كند، او را ارشاد و اگر نشد، از خود و كلاس خود طرد كنند.
و این توصیه بیشتر متوجه روحانیون و محصلین علوم دینی است. و توطئهها در دانشگاهها از عمق ویژهای برخوردار است و هر قشر محترم كه مغز متفكر جامعه هستند باید مواظب توطئهها باشند."
ایشان درباره توطئه های بزرگ دشمن در مورد دانشگاهها، فرموده اند: " از توطئههای بزرگ آنان، چنانچه اشاره شد و كراراً تذكر دادهام، به دست گرفتن مراكز تعلیم و تربیت خصوصاً دانشگاهها است كه مقدرات كشورها در دست محصولات آنها است. روش آنان با روحانیون و مدارس علوم اسلامی فرق دارد با روشی كه در دانشگاهها و دبیرستانها دارند. نقشه آنان برداشتن روحانیون از سر راه و منزوی كردن آنان است؛ یا با سركوبی و خشونت و هتاكی كه در زمان رضاخان عمل شد ولی نتیجه معكوس گرفته شد؛ یا با تبلیغات و تهمتها و نقشههای شیطانی برای جدا كردن قشر تحصیلكرده و به اصطلاح روشنفكر كه این هم در زمان رضاخان عمل میشد و در ردیف فشار و سركوبی بود؛ و در زمان محمدرضا ادامه یافت بدون خشونت ولی موذیانه.
ايشان در بيانات متعدد خويش با عبارات گوناگون اين مطلب را متذكر شدهاند كه «دانشگاه، مبداءِ همه تحولات است». هم چنين در مواردي ديگر با بكارگيري اصطلاحات «مقدرات» و «سرنوشت»، دانشگاه را منشاءِ اين مقدرات و سرنوشت ميدانند و آن را در رأس امور ميخوانند؛ از جمله: «مقدرات اين مملكت، دست اين دانشگاهيهاست»، «از دانشگاه [است كه] بايد سرنوشت يك ملت تعيين شود» و «دانشگاه كه رأس امور هست و تقديرات يك كشوري، مقدرات يك كشوري بسته به وجود آنهاست، بايد جديّت كنند كه روي خودشان را از غرب و شرق برگردانند».
دانشگاه از ديدگاه امام خميني(رحمت الله علیه)آن قدر اهميت دارد كه اگر نقش واقعي خود را نداشته باشد، همه چيز مملكت ازدست خواهد رفت. ايشان در جملهاي اين اهميت را گوشزد كردهاند: «اگر دانشگاه را ما سست بگيريم و از دست برود، همه چيزمان از دستمان رفته است». بنابراين، ميتوان نتيجه گرفت كه دانشگاه هم منشاءِ دردها و فسادهاي موجود و هم منشاءِ اصلاح كشور است و بسته به اينكه دانشگاه ها، استادان و دانشجويان چه جهتگيريهايي داشته باشند، ثمرات آن نيز مشخص خواهد شد. امام خميني (رحمت الله علیه)در كلامهاي خود، به اين دو جهتگيري كاملاً مجزا و مشخص، بطور صريح اشاره فرمودهاند. درباره جهتگيري اوّل چنين اظهار ميدارند: «اميدوارم احساس كرده باشيد كه همه دردهاي ايران از دانشگاه شروع شده است». و در خصوص جهتگيري دوّم ميفرمايند: «دانشگاه يك كشوري اگر اصلاح شود، آن كشور اصلاح ميشود». آنگاه در بياناتي ديگر، اين دو جهتگيري متضاد را در كنار هم قرار ميدهند و نتيجه هر يك را گوشزد ميكنند: «دانشگاه خوب، يك ملت را سعادتمند ميكند و دانشگاه غيراسلامي، دانشگاه بد، يك ملت را عقب ميزند» و در جاي ديگر ميفرمايند: «اين افرادي كه از دانشگاه ميآيند، يا مخرّب يك كشوري هستند يا سازنده آن كشور هستند» و «هر چه از خوبيها و بديها براي يك ملتي تحقق پيدا ميكند: وابستگي يا استقلال، در قيد و بند بودن و اختناق يا آزادي، تابع تربيتهاي دانشگاهي است».پس اگر متولّيان دانشگاه افرادي خوب و صالح باشند، نسلهاي حاضر و آينده درست تربيت ميشوند و اگر افراد غيرصالح باشند، اين نسلها نيز غيرصالح تربيت خواهند شد. از اين جهت است كه امام ميفرمايند: «دانشگاه است كه امور كشور را اداره ميكند و دانشگاه است كه نسلهاي آينده و حاضر را تربيت ميكند. و اگر چنان چه دانشگاه در اختيار چپاولگرهاي شرق و غرب باشد، كشور در اختيار آنهاست».